La UCA verifica y operativiza su misión por medio de tres funciones ya conocidas: la investigación, la docencia y la proyección social.
La investigación es la raíz de la independencia e historicidad del quehacer de la UCA. Desde ella conoce el estado de la realidad nacional, sus necesidades y los medios para satisfacerlas. El carácter histórico de la UCA depende de esta función, pues no se puede establecer una política universitaria correcta sin determinar de antemano la realidad nacional, su dirección procesual, las fuerzas que operan en ella, las metas asequibles y los medios adecuados para conquistarlas. La investigación debe ser histórica y política, entendidas de forma amplia, porque en ellas se encuentra lo económico, lo técnico, lo científico y lo cultural. Estas dimensiones son lo que son dentro de la realidad nacional en su proceso histórico, y desde ella deben interpretarse aquellas.
De esta manera, la investigación de la UCA, como la universidad misma, tiene un sentido político. Esto quiere decir que la dirección de la investigación debe venir dada desde la UCA misma y no desde las exigencias de otros. Esto es importante desde otro punto de vista. Cada investigación, en sí misma, tiene un alcance limitado; pero al estar unificada con las demás por un solo propósito, adquiere un alcance especial. El objetivo último de la UCA, integral e integrador, es la liberación de las mayorías oprimidas. La investigación —y también la docencia— solo es percibida de forma integral y concreta desde esas mayorías populares empobrecidas. El peso de la UCA en el país se debe, en buena medida, a la importancia que siempre ha dado a la investigación de la realidad nacional.
De aquí se sigue que en la UCA se debe enseñar y aprender la gran asignatura de la realidad nacional. Ignacio Ellacuría insistió en que nadie debía saber más que la UCA sobre ella. Para ser conocida, analizada e interpretada, esta realidad exige una gran variedad de recursos que solo la universidad puede reunir. En efecto, la docencia considera la realidad nacional desde diferentes disciplinas, sin que por ello ninguna pierda su especificidad. Las asignaturas y, en último término, las carreras están orientadas a ayudar a comprender la realidad nacional para transformarla. De lo contrario, no serían dignas de formar parte de un plan de estudios y, en El Salvador, serían un lujo intolerable. Esto significa que el criterio para seleccionar las carreras, las asignaturas y sus contenidos no puede ser la demanda del orden establecido, sino la exigencia racionalmente calculada de la sociedad por establecer.
La UCA entiende la reforma de la docencia a partir de la investigación. No es, pues, un simple problema de método pedagógico, sino algo mucho más grave: entender la docencia desde la realidad nacional para transformarla radicalmente. De ahí que lo prioritario no sea tanto la metodología pedagógica como el dominio de la propia disciplina, de tal modo que el académico pueda ponerla en relación directa con la estructura social y la marcha del proceso histórico. Es claro que no todas las asignaturas admiten esta relación en el mismo grado, pero sí que todas ellas deben apuntar en esta dirección.
La proyección social es la función prioritaria de la UCA. De hecho, fue la primera universidad en hablar de ella y la primera en ponerla en práctica. Y entiende por proyección social lo que del quehacer universitario llega a la sociedad. Aquello que llega como cultura a las mayorías populares o, más en general, como acción directa de la universidad sobre la estructura social. Dadas las características de esta estructura, la proyección social exige una inmersión beligerante en la realidad nacional dividida y contrapuesta, haciéndose presente en su inmediatez.
A lo largo de su historia, la UCA se ha hecho presente en la realidad salvadoreña en términos de conciencia. Se ha esforzado por determinar la conciencia colectiva y, en orden a formarla, ha puesto en movimiento el poder de su saber. Un saber entendido operativamente como poder transformador y no como simple repetición acrítica. Esto ha sido posible por la investigación y por el uso de los medios de comunicación social masiva.
Realizar esta tarea no ha sido fácil y aún ahora sigue siendo un ideal. Lo hecho ha sido posible gracias a una comunidad universitaria comprometida, consciente de sus posibilidades reales y de sus obligaciones respecto a la sociedad. Una universidad como la UCA no puede lograrse con presiones desde arriba, sino que ha sido posible por el aporte cada vez más rico de sujetos universitarios convencidos de su vocación e impulsados por su mística.
Desde sus inicios, la UCA ha generado su propia mística universitaria. El presupuesto de la mística es la vocación universitaria. Por eso, a la labor universitaria deben dedicarse quienes entienden que su máxima realización y satisfacción personal, así como su manera más eficaz para contribuir al bien de los demás, es la actividad universitaria. La raíz de la mística universitaria es la vocación universitaria.
La mística de la UCA exige no solo vocación universitaria, sino un compromiso muy especial con las mayorías populares y, por lo tanto, con su objetivo último e integrador. Para responder auténticamente a las exigencias de esas mayorías es necesario un acto creador permanente, lo cual implica una gran capacidad intelectual colectiva y sobre todo un gran amor a esas mayorías, un indeclinable fervor por la justicia social y cierto coraje para sobrellevar los ataques, las incomprensiones y las persecuciones.
La UCA no es la única vía para la autorrealización personal ni para la liberación de las mayorías oprimidas, pero ha optado por la vía universitaria y está convencida de su necesidad y efectividad. En el proceso de liberación, la universidad no puede hacerlo todo, pero lo que debe hacer es indispensable. Si falta en ese hacer, fracasa como universidad y traiciona su misión histórica. Por eso, la UCA no podía dejar al pueblo salvadoreño sin el servicio de una universidad óptima, porque eso habría sido traicionarlo; pero haber permitido que la UCA se centrase en la formación profesional de una élite y en la reproducción del sistema vigente hubiera sido una traición mayor.
La mística exige cierto grado de exclusividad, entendiendo por ello un esfuerzo para dedicar todas las energías al quehacer encomendado dentro de la UCA. La exclusividad es también una forma de autonomía para evitar la subordinación del quehacer universitario a otros quehaceres. Evidentemente, esta exclusividad no comporta sometimiento ciego a la UCA y menos a quienes la administran. Tampoco está reñida con el pluralismo ni con el máximo de participación en las políticas que ella promueve. Estas políticas ofrecen el espacio suficiente para permitir la autonomía de las diversas unidades y la libertad de investigadores y docentes. Con lo único que está reñida la exclusividad es con rendimientos mediocres o compartidos y con la subordinación a otras instancias.
Finalmente, la mística de la UCA exige un trabajo esforzado en condiciones económicas sacrificadas. De hecho, el quehacer universitario nunca podrá ser recompensado en términos de reconocimiento material, como lo pueden ser otros trabajos en la empresa privada o el sector público. Cumplir con los propósitos de la UCA en condiciones tan duras solo es posible para quienes tienen una auténtica vocación universitaria. Esto se entiende mejor desde la inspiración cristiana de la Universidad, porque en cuanto tal, esta no es lugar para la seguridad, los intereses egoístas, los lucros honoríficos o económicos ni las virtuosidades mundanas, sino para el sacrificio, la entrega personal y la renuncia.