Nació en Barcelona el 27 de diciembre de 1938 de una familia vasca. Ingresó en la Compañía de Jesús en Orduña, Vizcaya, el 6 de octubre de 1956. Continuó su noviciado en Santa Tecla, El Salvador, en octubre de 1957. Se ordenó sacerdote el 6 de julio de 1969. Desde 1974 reside habitualmente en San Salvador
Estudió humanidades en El Calvario, La Habana, 1958-1960 y filosofía en la Universidad de Saint Louis, USA, 1960 – 1963 donde obtuvo la Licenciatura en Filosofía.
En la misma universidad estudió Ingeniería Civil y obtuvo una Maestría en Ingeniería de Estructuras. Estudió teología en la Hoch Schule Sankt Georgen, Franckfurt, 1966 – 1973. En 1971 obtuvo la Licenciatura en Teología y en 1975 el Doctorado con la disertación: Una comparación de las cristologías de W. Pannenberg y J. Moltmann.
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En 1965 – 1966, profesor de latín, griego y literatura en el Seminario San José de la Montaña, y filosofía y matemáticas en la Universidad Centroamericana “José Simeón Cañas”, UCA.
Director de la Maestría en Teología 1974 – 1977, 1979 – 1980, 1985 – 1992. Las interrupciones se debieron a la persecución a profesores y alumnos de la Maestría.
Desde 1974 es profesor de Teología de UCA, El Salvador.
De 1981 a 2003 ha sido Director del Centro Pastoral de la UCA. En la actualidad es Director del Centro Monseñor Romero, UCA y Director de Carta a las Iglesias desde 1981. Co-director de la Revista Latinoamericana de Teología, desde 1984 hasta el presente.
Miembro del Consejo editor de la revista Estudios Centroamericanos, ECA, desde 1977 hasta el presente, de Sal Terrae desde 1979 hasta el presente, y de la revista Concilium desde 1986 hasta el presente.
Es uno de los teólogos de mayor proyección a nivel mundial. Entre sus obras cristológicas principales están: Cristología desde América Latina, México 1976 (traducido al inglés y portugués);Jesús en América Latina, UCA Editores, San Salvador 1981 (publicado también en Sal Terrae, Santander; traducido al inglés y al francés); Jesucristo Liberador, San Salvador 1991 (publicado también en Madrid y México y traducido al inglés, portugués, italiano y alemán. En 2013, publicado en francés); La fe en Jesucristo. Ensayo desde las víctimas, Madrid y San Salvador, 1999, traducido al portugués, inglés, italiano y alemán. En 2013, publicado en francés.
Se han publicado numerosas obras suyas sobre Monseñor Romero y los mártires, así como también sobre otros temas. Estas publicaciones, en su mayoría, han sido traducidas a otros idiomas.
Ha escrito en colaboración con Juan Hernández Pico, Teología de la Solidaridad, México y Managua 1983; traducido al inglés.
Ha recibido Doctorado Honoris Causa: Universidad de Lovaina (1985); Universidad de Santa Clara, California (1989); Facultad de Teología, Berkeley, California (1989); Universidad de Regis, Denver (1990); Universidad de Vilanova, Pennsylvania (1990); Trinity Lutheran Seminary, Columbus, Ohio (1990); Universidad de Saint Louis, Missiouri (1991); Swarthmore College, Pennsylvania (1993); Universidad de Münster, Alemania (1998); Universidad de Deusto, Euskadi (2009).
En 1992 recibió el Premio DERECHOS HUMANOS, Universidad Karl-Franzens, Graz, Austria
Amigo y colaborador de Monseñor Oscar Romero. Compañero y colaborador de los jesuitas mártires de la UCA