La Junta de Directores es la máxima autoridad normativa y administrativa de la Universidad. Está integrada por siete miembros propietarios y tres miembros suplentes, quienes, con base en los estatutos, serán en su mayoría miembros de la Compañía de Jesús. Tanto los miembros propietarios como los suplentes son nombrados para un período de tres años y pueden ser reelectos consecutivamente.
La Junta de Directores está integrada por las siguientes personas: